httpsになったらレイアウトが崩れたりスクリプトが動かなかったりを修正

フォルダのなかのhtmlファイルを一括置換

バックアップが必要だったりしたら、バックアップを取っておく。
フォルダをコピーでも可。バージョン管理とかで、前のバージョンに戻せるなら、そのままでもいいのではないでしょうか。
フォルダ内のすべてのhtmlファイルの'http:'を'https:'に置換して上書き保存

sed -i "s/http:/https:/g" *.html

フォルダ内の全htmlファイルを一括送信

プロンプトコマンドでいちいち「送信する？」の確認を出ないようにする。
アスキーコマンドでテキストファイルの送信モードにする
mputで*.htmlを一括送信すればワイルドカードに一致するファイルが次々に送信される。
進捗が知りたい時はftp> hashとしてHash mark printing onにすれば進捗が表示される。

ftp> prompt
Interactive mode off.
ftp> ascii
200 Type set to A
ftp> mput *.html